约翰内斯·怀德纳录制了100多张CD,DVD和视频,涵盖了广泛的歌剧和音乐会曲目,包括由拿索斯厂牌发行的完整版的施特劳斯轻歌剧《蝙蝠》和莫扎特轻歌剧《女人心》,比才歌剧《卡门》、布鲁克纳《第三交响曲》(所有版本)和《第九交响曲》(第四乐章为重建版)的现场录音,由索尼旗下RCA Red Seal发行的与维也纳广播交响乐团和钢琴家列夫·维诺库尔联合录制的罗伯特·舒曼全套钢琴与乐队作品,由华纳唱片发行的与台北交响乐团联合录制的贝多芬《第七交响曲》和《小提琴协奏曲》(小提琴:亚历山大·达·科斯塔)。怀德纳的很多录音都展现了他对鲜少为观众所知的或被遗忘的音乐的探索,包括与维也纳广播交响乐团为CPO录制的埃里希·泽索、约瑟夫·马克思、约翰·尼伯姆克·大卫等作曲家的作品,与格拉茨爱乐乐团录制的约瑟夫·马克思的《秋季交响曲》,与英国BBC乐团为Dutton 厂牌录制的弗雷德里克·德朗热、瓦尔特·布朗费尔斯、查尔斯·马丁·勒夫勒的作品。